Do leta 2004 sta Slovenske regionalne dneve organizirala Slovenski regionalno razvojni sklad in Agencija Republike Slovenije za regionalni razvoj/Služba Vlade Republike Slovenije za lokalno samoupravo in regionalno politiko. Na pobudo Geografskega inštituta Antona Melika ZRC SAZU in ob sodelovanju Službe Vlade Republike Slovenije za razvoj so bili regionalni dnevi ponovno organizirani leta 2007, leta 2009 pa sta se organizaciji regionalnih dni ponovno pridružila Slovenski regionalno razvojni sklad ter Služba Vlade Republike Slovenije za lokalno samoupravo in regionalno politiko. Od leta 2007 dalje so bili regionalni dnevi organizirani v Postojni (2007), na Otočcu (2009), v Slovenj Gradcu (2010), Lipici (2011), Rimskih Toplicah (2013), Ljubljani (2014), Čatežu ob Savi (2015), Murski Soboti (2016), Kranjski Gori (2017), Podčetrtku (2018), Bovcu (2019), na platformi Zoom (2021) in na Ptuju (2022).